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講演抄録/キーワード
講演名 2013-01-25 14:30
ハプロタイプ推定に対するモーメント母関数を用いたアプローチ
小野司寿加井上真郷早大NLP2012-137 NC2012-127
抄録 (和) 父由来と母由来の遺伝情報が混同した状態のヒトのゲノムデータを,統計学的な手法を用いてそれぞれの情報に分離させる問題をハプロタイプ推定という.これは近年注目されている個別化医療において重要な技術であり,現在までに様々な手法が研究されてきた.特にHardy-Weinberg 平衡を仮定してハプロタイプ頻度をEM アルゴリズムによって推定する手法の精度は非常に高いが,ハプロタイプ頻度のスパース性を利用しないため,多型座位数について指数的な計算量を必要とするという欠点がある.本研究ではハプロタイプ推定問題特有の性質に着目し,ハプロタイプ頻度の推定を,モーメント母関数を用いてスパース最適化へ帰着させる新たなアプローチを提案する.また,本手法によって得られる推定解の精度を,人工データを用いた実験により評価する. 
(英) Haplotype inference is a statistical problem to separate mixed human genomic information into maternal and paternal haplotypes. Intensive studies for this problem have been dedicated to contribute individualized medicine. One of the most successful studies is a method using EM algorithm with Hardy-Weinberg assumption. Its accuracy is generally quite high, but it suffers from exponential calculation cost regarding the number of polymorphic sites because it does not utilize the sparsity of haplotype frequencies. In this report, focusing on a property of the haplotype inference, we introduce a new approach to estimation of haplotype frequencies. Specifically, we use moment generating function and sparse optimization technique. We also evaluate the accuracy of the method with artificial data.
キーワード (和) ハプロタイプ推定 / モーメント母関数 / スパース最適化 / 圧縮センシング / / / /  
(英) haplotype inference / moment generating function / sparse optimization / compressed sensing / / / /  
文献情報 信学技報, vol. 112, no. 390, NC2012-127, pp. 187-191, 2013年1月.
資料番号 NC2012-127 
発行日 2013-01-17 (NLP, NC) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685    Online edition: ISSN 2432-6380
著作権に
ついて
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034)
PDFダウンロード NLP2012-137 NC2012-127

研究会情報
研究会 NC NLP  
開催期間 2013-01-24 - 2013-01-25 
開催地(和) 北海道大学百年記念会館 
開催地(英) Hokkaido University Centennial Memory Hall 
テーマ(和) 一般 
テーマ(英)  
講演論文情報の詳細
申込み研究会 NC 
会議コード 2013-01-NC-NLP 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) ハプロタイプ推定に対するモーメント母関数を用いたアプローチ 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) An approach to the haplotype inference using moment generating function 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) ハプロタイプ推定 / haplotype inference  
キーワード(2)(和/英) モーメント母関数 / moment generating function  
キーワード(3)(和/英) スパース最適化 / sparse optimization  
キーワード(4)(和/英) 圧縮センシング / compressed sensing  
キーワード(5)(和/英) /  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 小野 司寿加 / Shizuka Ono / オノ シズカ
第1著者 所属(和/英) 早稲田大学 (略称: 早大)
Waseda University (略称: Waseda Univ.)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 井上 真郷 / Masato Inoue / イノウエ マサト
第2著者 所属(和/英) 早稲田大学 (略称: 早大)
Waseda University (略称: Waseda Univ.)
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講演者 第1著者 
発表日時 2013-01-25 14:30:00 
発表時間 20分 
申込先研究会 NC 
資料番号 NLP2012-137, NC2012-127 
巻番号(vol) vol.112 
号番号(no) no.389(NLP), no.390(NC) 
ページ範囲 pp.187-191 
ページ数
発行日 2013-01-17 (NLP, NC) 


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