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講演抄録/キーワード
講演名 2012-09-03 11:25
de Bruijnグラフの圧縮
Alexander BoweNII)・小野寺 拓東大)・○定兼邦彦NII)・渋谷哲朗東大
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抄録 (和) 本稿はde Bruijnグラフの新しい簡潔表現を提案する.
長さ $N$ のDNA配列の $k$-mer に対するde Bruijnグラフが $m$ 本の枝を持つとき,
このグラフは $4m+ \order(m)$ ビットで表現できる.
節点の出次数と入次数は定数時間,ある節点から出る,またはある節点に入る枝で
指定されたラベルを持つものはそれぞれ定数時間,$\Order(k)$ 時間で求まる.
データ構造は余分な作業領域を使わずに $\Order(Nk \log m/\log\log m)$ 時間で構築できる. 
(英) We propose a new succinct de Bruijn graph representation.
If the de Bruijn graph of $k$-mers in a DNA sequence of length $N$ has $m$ edges,
it can be represented in $4m + \order(m)$ bits.
This is much smaller than existing ones.
The numbers of outgoing and incoming edges of a node are computed in constant time, and
the outgoing and incoming edge with given label are found in constant time
and $\Order(k)$ time, respectively.
The data structure is constructed in $\Order(Nk \log m/\log\log m)$
time using no additional space.
キーワード (和) de Bruijnグラフ / ゲノムアセンブリ / 簡潔データ構造 / / / / /  
(英) de Bruijn graph / genome assembly / succinct data structures / / / / /  
文献情報 信学技報, vol. 112, no. 199, COMP2012-29, pp. 25-32, 2012年9月.
資料番号 COMP2012-29 
発行日 2012-08-27 (COMP) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685  Online edition: ISSN 2432-6380

研究会情報
研究会 COMP  
開催期間 2012-09-03 - 2012-09-03 
開催地(和) 法政大学 
開催地(英) Hosei University 
テーマ(和)  
テーマ(英)  
講演論文情報の詳細
申込み研究会 COMP 
会議コード 2012-09-COMP 
本文の言語 英語(日本語タイトルあり) 
タイトル(和) de Bruijnグラフの圧縮 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) Compressing de Bruijn Graphs 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) de Bruijnグラフ / de Bruijn graph  
キーワード(2)(和/英) ゲノムアセンブリ / genome assembly  
キーワード(3)(和/英) 簡潔データ構造 / succinct data structures  
キーワード(4)(和/英) /  
キーワード(5)(和/英) /  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) Alexander Bowe / Alexander Bowe / ボウ アレクサンダ
第1著者 所属(和/英) 国立情報学研究所 (略称: NII)
National Institute of Informatics (略称: NII)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 小野寺 拓 / Taku Onodera / オノデラ タク
第2著者 所属(和/英) 東京大学 (略称: 東大)
The University of Tokyo (略称: Univ. of Tokyo)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 定兼 邦彦 / Kunihiko Sadakane / サダカネ クニヒコ
第3著者 所属(和/英) 国立情報学研究所 (略称: NII)
National Institute of Informatics (略称: NII)
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) 渋谷 哲朗 / Tetsuo Shibuya /
第4著者 所属(和/英) 東京大学 (略称: 東大)
The University of Tokyo (略称: Univ. of Tokyo)
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講演者
発表日時 2012-09-03 11:25:00 
発表時間 35 
申込先研究会 COMP 
資料番号 IEICE-COMP2012-29 
巻番号(vol) IEICE-112 
号番号(no) no.199 
ページ範囲 pp.25-32 
ページ数 IEICE-8 
発行日 IEICE-COMP-2012-08-27 


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