お知らせ 2023年度・2024年度 学生員 会費割引キャンペーン実施中です
お知らせ 技術研究報告と和文論文誌Cの同時投稿施策(掲載料1割引き)について
お知らせ 電子情報通信学会における研究会開催について
お知らせ NEW 参加費の返金について
電子情報通信学会 研究会発表申込システム
講演論文 詳細
技報閲覧サービス
[ログイン]
技報アーカイブ
 トップに戻る 前のページに戻る   [Japanese] / [English] 

講演抄録/キーワード
講演名 2009-12-03 10:20
Smith-WatermanアルゴリズムにおけるGPUを用いた実装方法の一提案
土肥慶亮長崎大)・Ling Chengエディンバラ大)・濱田 剛柴田裕一郎小栗 清長崎大)・Khaled Benkridエディンバラ大CPSY2009-43
抄録 (和) 本稿では,Smith-Waterman (SW) アルゴリズムをGPU上で並列計算させるための設計,実装を行う.実装では,二つのシーケンスのアライメントマトリックスを小領域に分割し,それらをwarp単位でスレッドに割り当て計算を行う.評価の結果,9.09 GCUPS (Giga Cell Update per Second) から12.71 GCUPSの性能を達成し,4つのGPUコアを用いた場合では,29.46GCUPSから43.05GCUPSの性能を達成した.現在発表されている最も高速なGPU上での実装と比較して,最大46%の高速化に成功した. 
(英) This paper describes a implementation of the Smith-Waterman (SW) algorithm on GPUs. Central to this is a divide and conquer approach which divides the computation of a whole pairwise sequence alignment matrix into multiple sub-matrices (or parallelograms) each running efficiently on the available hardware resources of the GPU. Moreover, we use thread warps and padding techniques in order to decrease the cost of thread synchronization. As a result, our implementation of the SW algorithm achieves a throughput ranging between 9.09 GCUPS (Giga Cell Update per Second) and 12.71 GCUPS on a single-GPU version, and a throughput between 29.46 GCUPS and 43.05 GCUPS on a quad-GPU platform. Compared with the best GPU implementation of the SW algorithm reported to date, our implementation achieves up to 46% improvement in speed.
キーワード (和) Smith Waterman アルゴリズム / GPGPU / CUDA / / / / /  
(英) Smith Waterman algorithm / GPGPU / CUDA / / / / /  
文献情報 信学技報, vol. 109, no. 319, CPSY2009-43, pp. 1-6, 2009年12月.
資料番号 CPSY2009-43 
発行日 2009-11-26 (CPSY) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685    Online edition: ISSN 2432-6380
著作権に
ついて
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034)
PDFダウンロード CPSY2009-43

研究会情報
研究会 VLD DC IPSJ-SLDM CPSY RECONF ICD CPM  
開催期間 2009-12-02 - 2009-12-04 
開催地(和) 高知市文化プラザ 
開催地(英) Kochi City Culture-Plaza 
テーマ(和) デザインガイア2009 ―VLSI設計の新しい大地― 
テーマ(英) Design Gaia 2009 ―New Field of VLSI Design― 
講演論文情報の詳細
申込み研究会 CPSY 
会議コード 2009-12-VLD-DC-SLDM-CPSY-RECONF-ICD-CPM 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) Smith-WatermanアルゴリズムにおけるGPUを用いた実装方法の一提案 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) An Efficient GPU Implementation Approach of Smith-Waterman Algorithm 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) Smith Waterman アルゴリズム / Smith Waterman algorithm  
キーワード(2)(和/英) GPGPU / GPGPU  
キーワード(3)(和/英) CUDA / CUDA  
キーワード(4)(和/英) /  
キーワード(5)(和/英) /  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 土肥 慶亮 / Keisuke Dohi / ドヒ ケイスケ
第1著者 所属(和/英) 長崎大学 (略称: 長崎大)
Nagasaki University (略称: Nagasaki Univ.)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) Ling Cheng / Ling Cheng / Ling Cheng
第2著者 所属(和/英) エディンバラ大学 (略称: エディンバラ大)
University of Edinburgh (略称: Univ of Edinburgh)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 濱田 剛 / Tsuyoshi Hamada / ハマダ ツヨシ
第3著者 所属(和/英) 長崎大学 (略称: 長崎大)
Nagasaki University (略称: Nagasaki Univ.)
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) 柴田 裕一郎 / Yuichiro Shibata / シバタ ユウイチロウ
第4著者 所属(和/英) 長崎大学 (略称: 長崎大)
Nagasaki University (略称: Nagasaki Univ.)
第5著者 氏名(和/英/ヨミ) 小栗 清 / Kiyoshi Oguri / オグリ キヨシ
第5著者 所属(和/英) 長崎大学 (略称: 長崎大)
Nagasaki University (略称: Nagasaki Univ.)
第6著者 氏名(和/英/ヨミ) Khaled Benkrid / Khaled Benkrid / Khaled Benkrid
第6著者 所属(和/英) エディンバラ大学 (略称: エディンバラ大)
University of Edinburgh (略称: Univ of Edinburgh)
第7著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第7著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第8著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第8著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第9著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第9著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第10著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第10著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第11著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第11著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第12著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第12著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第13著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第13著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第14著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第14著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第15著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第15著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第16著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第16著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第17著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第17著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第18著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第18著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第19著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第19著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第20著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第20著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
講演者 第1著者 
発表日時 2009-12-03 10:20:00 
発表時間 20分 
申込先研究会 CPSY 
資料番号 CPSY2009-43 
巻番号(vol) vol.109 
号番号(no) no.319 
ページ範囲 pp.1-6 
ページ数
発行日 2009-11-26 (CPSY) 


[研究会発表申込システムのトップページに戻る]

[電子情報通信学会ホームページ]


IEICE / 電子情報通信学会