講演抄録/キーワード |
講演名 |
2007-06-14 11:45
最近傍分類器の分類誤差を用いた遺伝子グループの有意性検定に関する一考察 ○竹内一郎・林 真太郎(三重大)・勝呂 幸・瀬戸加大(愛知県がんセンター) NC2007-13 |
抄録 |
(和) |
マイクロアレイによる発現解析データを生物情報データベースと関連づけて解釈することの重要性が認識されつつある. そのような必要性から, パスウェイなどにより定義された遺伝子のグループをひとまとまりとして捉え, その有意性を評価するための統計的検定法の確立が望まれている. 本報告では遺伝子グループの有意性検定の1アプローチとして, 最近傍判別器の分類誤差を統計量に用いる方法を提案する. 提案するアプローチは, 従来のものよりも計算コストが低く, さまざまな発現パターンの違いを検出できるという特長を持つ. シミュレーションによる検出力の評価とマイクロアレイデータへの適用実験を通して, 提案するアプローチの有効性を示す. |
(英) |
Relating gene expression profiles from microarray experiments with biological knowledge databases is an important step for understanding biological mechanism. It motivates the development of statistical techniques that quantify the significance of the expression profiles for sets of genes defined, e.g., based on pathway information. In this report we propose a new approach for gene set significance analysis. The proposed test measures the significance of gene sets using cross-validated errors of nearest-neighbor classifiers. Our approach is computationally efficient and powerful to detect various types of differences in expression patterns. We demonstrate the advantage of our approach through the simulation studies for power analysis and an application to a public microarray data. |
キーワード |
(和) |
マイクロアレイ / 発現解析 / パスウェイ解析 / 遺伝子グループ / 統計的検定 / 多重比較 / 並び替え検定 / 最近傍法 |
(英) |
Microarray / Expression Profile / Pathway Analysis / Gene Set / Statistical Test / Multiple Comparison / Permutation Test / Nearest-Neighbor Method |
文献情報 |
信学技報, vol. 107, no. 92, NC2007-13, pp. 29-34, 2007年6月. |
資料番号 |
NC2007-13 |
発行日 |
2007-06-07 (NC) |
ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 |
著作権に ついて |
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NC2007-13 |