| 講演抄録／キーワード |
| 講演名 |
2005-05-12 14:30
FPGAを用いた生化学シミュレータにおける反応速度関数スケジューリングに関する検討
○岩永直樹・柴田裕一郎（長崎大）・吉見真聡・長名保範・岩岡 洋・福島知紀・天野英晴（慶大）・舟橋 啓・広井賀子・北野宏明（JST）・小栗 清（長崎大） |
| 抄録 |
（和） |
常微分方程式を解く再構成可能な生化学シミュレータが、研究者が個人で利用で
きる高速なシミュレーション環境として注目されてきている。再構成可能なハー
ドウェアを効率良く利用するには、高スループットな演算パイプラインの
静的スケジューリングが重要である。本稿では、いくつかのスケ
ジューリング方法を示し、性能とハードウェア量のトレードオフの比較を
行なった。この結果、共有化優先スケジューリングでは平均で33.8%
のハードウェア量を削減することができたが、スループットでは最大で11.5%の性能
低下が見られた。また、反応速度関数を共有することによる影響も検討した。 |
| （英） |
A reconfigurable biochemical simulator solving ordinary differential
equations has received attention as a personal high speed environment
for biochemical researchers. For efficient use of the reconfigurable
hardware, static scheduling of high-throughput arithmetic pipeline
structures is essential. This paper shows and compares some scheduling
alternatives, and analyzes the tradeoffs between performance and
hardware amount. Through the evaluation, it is shown that the sharing
first scheduling reduces the hardware cost by 33.8% in average, with
the up to 11.5% throughput degradation. Effects of sharing rate law
functions are also analyzed. |
| キーワード |
（和） |
生化学シミュレータ / 常微分方程式 / 演算スケジューリング / / / / / |
| （英） |
biochemical simulator / ordinary differential equation / arithmetic scheduling / / / / / |
| 文献情報 |
信学技報, vol. 105, no. 42, RECONF2005-8, pp. 43-48, 2005年5月. |
| 資料番号 |
RECONF2005-8 |
| 発行日 |
2005-05-05 (RECONF) |
| ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 |
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