講演抄録/キーワード |
講演名 |
2005-01-25 16:20
SBML対応細胞シミュレータ環境の構築 ○岩岡 洋・長名保範・福島知紀・吉見真聡(慶大)・舟橋 啓・広井賀子(JST)・柴田裕一郎・岩永直樹(長崎大)・北野宏明(JST)・天野英晴(慶大) |
抄録 |
(和) |
近年,細胞内の化学反応機構のシミュレーションに関する研究が盛んである.し
かし,大規模なモデルを扱う場合,膨大な計算時間を要するため,FPGAを用いて
シミュレーションを高速化する研究が行われている.これまでに開発された多く
のシミュレータは,SBMLと呼ばれるモデル記述言語が標準的に利用しており,互
換性を保つことが重要である.本研究報告では,SBMLで記述されたモデルをFPGA
上での効率的な処理を行うシミュレーション環境のための一部ソフトウェアを実
装し,評価を取った. |
(英) |
Computer simulation in widely used in biochemistry research.
However, simulating large-scale model requires a large computational time.
To reduce it, we have been developing a FPGA-based high-speed simulator, but
previous research mainly forcues on high speed implementation, and standard
model for description has not been prepared.
SBML model, that is a standard modeling language for biochemical networks,
has been popular in many software simulator.
In this reseach report, an environment of FPGA-based simulator which can
use SBML for modeling is implemented and evaluated. |
キーワード |
(和) |
SBML / FPGA / 生化学シミュレーション / / / / / |
(英) |
SBML / FPGA / Biochemical Simulation / / / / / |
文献情報 |
信学技報, vol. 104, no. 591, CPSY2004-74, pp. 63-68, 2005年1月. |
資料番号 |
CPSY2004-74 |
発行日 |
2005-01-18 (VLD, CPSY) |
ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 |
PDFダウンロード |
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研究会情報 |
研究会 |
CPSY VLD IPSJ-SLDM |
開催期間 |
2005-01-25 - 2005-01-26 |
開催地(和) |
慶應義塾大学 日吉キャンパス |
開催地(英) |
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テーマ(和) |
FPGAとその応用および一般 |
テーマ(英) |
FPGA and its Application, etc |
講演論文情報の詳細 |
申込み研究会 |
CPSY |
会議コード |
2005-01-CPSY-VLD-IPSJ-SLDM |
本文の言語 |
日本語 |
タイトル(和) |
SBML対応細胞シミュレータ環境の構築 |
サブタイトル(和) |
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タイトル(英) |
Design of cellular simulation platform for SBML model |
サブタイトル(英) |
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キーワード(1)(和/英) |
SBML / SBML |
キーワード(2)(和/英) |
FPGA / FPGA |
キーワード(3)(和/英) |
生化学シミュレーション / Biochemical Simulation |
キーワード(4)(和/英) |
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キーワード(5)(和/英) |
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キーワード(6)(和/英) |
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キーワード(7)(和/英) |
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キーワード(8)(和/英) |
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第1著者 氏名(和/英/ヨミ) |
岩岡 洋 / Yow Iwaoka / イワオカ ヨウ |
第1著者 所属(和/英) |
慶応義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ.) |
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) |
長名 保範 / Yasunori Osana / オサナ ヤスノリ |
第2著者 所属(和/英) |
慶応義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ.) |
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) |
福島 知紀 / Tomonori Fukushima / フクシマ トモノリ |
第3著者 所属(和/英) |
慶応義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ.) |
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) |
吉見 真聡 / Masato Yoshimi / ヨシミ マサト |
第4著者 所属(和/英) |
慶応義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ.) |
第5著者 氏名(和/英/ヨミ) |
舟橋 啓 / Akira Funahashi / フナハシ アキラ |
第5著者 所属(和/英) |
科学技術振興機構 北野共生システムプロジェクト (略称: JST)
Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, JST (略称: JST) |
第6著者 氏名(和/英/ヨミ) |
広井 賀子 / Noriko Hiroi / ヒロイ ノリコ |
第6著者 所属(和/英) |
科学技術振興機構 北野共生システムプロジェクト (略称: JST)
Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, JST (略称: JST) |
第7著者 氏名(和/英/ヨミ) |
柴田 裕一郎 / Yuichiro Shibata / シバタ ユウイチロウ |
第7著者 所属(和/英) |
長崎大学 (略称: 長崎大)
Nagasaki University (略称: Nagasaki Univ.) |
第8著者 氏名(和/英/ヨミ) |
岩永 直樹 / Naoki Iwanaga / イワナガ ナオキ |
第8著者 所属(和/英) |
長崎大学 (略称: 長崎大)
Nagasaki University (略称: Nagasaki Univ.) |
第9著者 氏名(和/英/ヨミ) |
北野 宏明 / Hiroaki Kitano / キタノ ヒロアキ |
第9著者 所属(和/英) |
科学技術振興機構 北野共生システムプロジェクト (略称: JST)
Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, JST (略称: JST) |
第10著者 氏名(和/英/ヨミ) |
天野 英晴 / Hideharu Amano / アマノ ヒデハル |
第10著者 所属(和/英) |
慶応義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ.) |
第11著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第11著者 所属(和/英) |
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第12著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第13著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第14著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第15著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第16著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第17著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第18著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第19著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第19著者 所属(和/英) |
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第20著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第20著者 所属(和/英) |
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講演者 |
第1著者 |
発表日時 |
2005-01-25 16:20:00 |
発表時間 |
30分 |
申込先研究会 |
CPSY |
資料番号 |
VLD2004-108, CPSY2004-74 |
巻番号(vol) |
vol.104 |
号番号(no) |
no.589(VLD), no.591(CPSY) |
ページ範囲 |
pp.63-68 |
ページ数 |
6 |
発行日 |
2005-01-18 (VLD, CPSY) |